Vnútorná organizácia súkromnej vysokej školy patrí do jej samosprávnej pôsobnosti (§ 6 ods. 1a a § 15 ods. 2b zákona č. 131/2002 Z.z. o vysokých školách). Základné ustanovenia o organizácii VŠD obsahuje Štatút VŠS. Celé vyobrazenie organizačnej štruktúry je v časti „štruktúra“  Ďalšie podrobnosti sú v Organizačnom poriadku VŠD